从吴淞口至松江区米市渡，黄浦江全长约113公里，不同江段因地质条件和功能需求，水深差异显著。上游段米市渡至闸港水深较浅，普遍在3-5米，以自然河道为主，受潮汐影响较小。中游段闸港至吴淞口是航运核心区域，水深明显增加，主航道水深维持在9-12米，其中吴淞口至龙华港段因常年疏浚，水深可达10米以上，能满足5000吨级船舶通行。
潮汐是影响黄浦江水深的关键自然因素。作为感潮河流，涨潮时水深比落潮时增加2-4米，例如吴淞口附近最大潮差可达3.2米，使得实际通航水深呈现周期性波动。此外，人类活动对水深的改造显著：为保障国际航运中心功能，上海港定期对主航道进行疏浚，部分深水航道如南港航道深度已达12.5米，可通航万吨级集装箱船。
黄浦江的水深还与局部工程密切相关。跨江桥梁如南浦大桥、杨浦大桥的通航净空，倒逼桥下航道维持不低于8.5米的水深；而防汛墙和护岸工程的建设，则通过稳定河床形态间接保障了水深稳定。
总体而言，黄浦江平均水深约5-10米，核心通航段水深可达9-12.5米，上游浅段与下游深段共同构成了这条“黄金水道”的立体水文特征。