《呐喊》的主题思想，是鲁迅以文学为刃，剖开封建礼教的腐朽内核与国民性的沉疴痼疾，借“呐喊”之音试图唤醒沉睡的国人。
作品以反封建礼教为核心批判维度。《狂人日记》撕开“仁义道德”的伪装，直指封建礼教“吃人”的本质；《孔乙己》将科举制度下读书人的悲剧具象化，孔乙己的迂腐与消亡，是封建教育对人性的戕害；《明天》里单四嫂子的助，折射出礼教对女性的压迫——这些篇章从不同角度，将封建制度的罪恶暴露遗。
对国民劣根性的深刻剖析是主题的重要支撑。《阿Q正传》中阿Q的精神胜利法，是麻木、自欺、愚昧的集中写照；《药》里围观革命者夏瑜就义的群众，其冷漠与愚昧令人心惊，华老栓用革命者鲜血做药的情节，更揭示了民众对革命的知与隔膜；《风波》中七斤的恐慌与村民的盲从，凸显了辛亥革命后农村的思想依旧停滞。鲁迅笔下的国民性弱点，不是个体的偶然，而是封建环境长期浸染的结果。
“呐喊”的本质是启蒙的期望。鲁迅坦言“听将令”而呐喊，是希望“慰藉那在寂寞里奔驰的猛士”，更希望唤醒更多人摆脱麻木。即便他清醒地意识到“叫醒了的人们，应该都走，最不愿走的，也该自己走”，但仍执着于以笔为号，试图打破国民的精神沉睡。
《呐喊》的主题，始终围绕“批判”与“唤醒”——批判封建的毒瘤，唤醒麻木的灵魂，这是鲁迅对时代的回应，也是这部文集的精神内核。