故事，马骥在龙宫虽受龙王厚待，却因思念家乡，向龙王请辞归家。龙王虽有不舍，但感其孝心，最终同意放行。临别时，龙女赠予马骥“相思石”，嘱咐他若思念妻儿可凭石相感，又送他宝珠和鲛人泪织成的锦缎，助其返乡后安身立命。马骥回到人间后，发现尘世已过十余年，家中父母虽苍老但健在，他以龙宫所赠宝物接济家境，生活逐渐安稳。
然而仙凡殊途，马骥虽多次对着“相思石”呼唤龙女，却始终法再见。数年后，他在海边忽见水面浮来三个婢女，带来龙女所生的一对儿女，并传龙女之语：“若再思相见，当以石投水。” 马骥接过孩子，悲痛欲绝，却因畏惧龙王而不敢投石。此后，他终身未再娶，将儿女抚养成人，孩子们长大后身上仍带着龙宫血脉，能预知潮水涨落。马骥最终寿终正寝，儿女将其葬于海边，传说常有鲛人从海中出来祭扫。
结局以马骥与龙女的永别为基调，既保留了凡人对故土的眷恋，也凸显了仙凡殊途的奈。蒲松龄通过这一结局，既歌颂了真挚的情感，也暗喻了现实中理想与世俗的冲突，最终以“相思石空在，不见故人来”的怅惘感收束，留下悠长的余味。